في العصر الحجري الحديث قبل 5000 سنة، قبيلة من ناس باييوي الذين عاشوا في جنوب نهر اليانغتسى – ناس قبيلة لوهيوي بدأوا في هبوط جزيرة هاينان مقفرة بالزوارق والطوف من الخيزران، وقامت بانشاء بلدة المجتمع الأمومي فيها. وهم أسلاف قومية لي، بطبيعة الحال، هم أقرب السكان الأصليين في جزيرة هاينان.

بعد توحيد تشين شي هوانغ الصين قبل أكثر من 2000 سنة، اعتبرت جزيرة هاينان كالمنطقة الحدودية للصين، وانتميت إلى ولاية شيانغ (ولاية قوانغشى الأن). وفي السنوات الحافلة بالأحداث اللاحقة، الحكومة المركزية قامت بتغيير نظام إدارة جزيرة هاينان مرات مثل انشاء النظام التنظيمي لها وارسال مسؤولي الادارة والتابعة للولاية او المحافظة في البر الرئيسي الصيني كالمنطقة الحدودية والادارة من قبل بلدة المجتمع الأبوي تحت قيادة رئيس "قومية لي". وحتى جمهورية الصين، تم إنشاء نظام الادارة الإدارية الفعال في جزيرة هاينان كلها. وفي 1 مايو 1950، تم تحرير هاينان كلها، وقامت بإنشاء منطقة هاينان الإدارية التي تكون تابعة لمقاطعة قوانغدونغ. وفي 13 أبريل 1988، تأسست مقاطعة هاينان، وأصبحت أكبر منطقة اقتصادية خاصة في الصين. وفي 21 يونيو 2012، تأسست مدينة سانشا في مقاطعة هاينان. وحاليا تدير مقاطعة هاينان 19 مدينة ومحافظة ومنطقة يانغبو للتنمية الاقتصادية

قبل اكثر من الف عام، بدأ صيادو هاينان يعيشون فى جزر بحر الصين الجنوبى. وفي أوائل اسرة مينغ، قام صيادو بلدة تانمين في مدينة تشيونغهاي بتطوير كتاب ملاحة جزر شيشا وجزر تشونغشا وجزر نانشا – "قه لو بو". وخلال سلالات مينغ وتشينغ، بالإضافة إلى صيد المأكولات البحرية في بحر الصين الجنوبي، قام صيادي هاينان بناء السكن وحفر الأبار وزراعة الأشجار والماشية والأغنام في بعض جزر شييشا للاقامة طويلة الأجل، وحتى الآن يمكن رؤية السكن والآبار المتبقية وهلم جرا في جزيرة يونغشينغ والعديد من الجزر الأخرى